Съветът на директорите избира Главен изпълнителен директор на „Софийска вода”, който ръководи оперативната дейност на дружеството. Той оглавява изпълнителното ръководство, съставено от всички висши мениджъри, начело на дирекциите във фирмата и на други ключови направления от дейността й.